Depuis 2008, Oséo propose un nouveau programme « Innovation stratégique industrielle » (ISI) dédié aux projets à risque réunissant au moins deux entreprises et des laboratoires publics à finalité industrielle.

Les projets financés à ce jour sont issus essentiellement des secteurs de l’énergie-transports-environnement et des sciences de la vie. Plus de 40 % des aides ont financé des projets labellisés par les pôles de compétitivité. 89 entreprises et 46 organismes publics de recherche étaient impliqués dans ces projets qui ont fait intervenir en moyenne 5 entreprises et 2 laboratoires publics.

Au cours du premier semestre 2009, 400 millions d’euros ont été injectés par Oséo dans les projets innovants sous forme d’aides directes à l’innovation, de contrats de développement aux côtés des banques et de garantie des prêts bancaires. Selon Oséo, la demande de financement de projets innovants est donc toujours aussi importante malgré la crise.